فهرست:
فصل اول.. 1
مقدمه و کلیات.. 1
1-1 مقدمه. 2
1-2 ژن‌های کاندیدا و اهمیت آن‌ها 4
فصل دوم. 5
بررسی منابع. 5
2-1 مروری کوتاه بر خصوصیات بیولوژیکی و زیستگاهی ماهیان مورد مطالعه. 6
2-1 کپور شکلان.. 6
2-1-1 خانواده کپور ماهیان.. 6
2-1-1-1 ماهی سفید. 7
2-1-1-2 کپور معمولی.. 8
2-2 زیستگاه 9
2-3 تغذیه. 10
2-4 سن بلوغ. 10
2-5 رشد و عوامل موثر بر آن.. 10
2-5-1 تنظیم رشد. 11
2-5-2 هورمون رشد. 11
2-5-3 کنترل ترشح هورمون رشد. 12
2-5-4 اثرات متابولیکی هورمون رشد. 12
2-5-4-1 افزایش سرعت پروتئین سازی در بیشتر سلول‌های بدن.. 12
2-5-4-2 افزایش رونویسی هسته‌ای DNA برای ساخت RNA.. 13
2-5-4-3 افزایش میزان چربی‌ها برای تولید انرژی.. 13
2-5-4-4 کاهش مصرف کربوهیدرات‌ها 13
2-6 ژن هورمون رشد. 13
2-7 نشانگرهای ژنتیکی.. 14
2-7-1 نشانگرهای ریخت شناسی.. 15
2-7-2 نشانگرهای فیزیولوژیکی.. 15
2-7-3 نشانگرهای سیتوژنتیکی.. 15
2-7-4 نشانگرهای پروتئینی.. 15
2-7-5 نشانگرهای DNA یا نشانگرهای مولکولی.. 16
2-8 نشانگرهای DNA مبتنی بر واکنش زنجیره‌ای پلیمراز 16
2-9 واکنش رنجیره ای پلیمراز (PCR) 17
2-9-1 بافر RCR.. 18
2-9-2 کلرید منیزیم (Mgcl2) 18
2-9-3 دی اکسی نوکلئوتیدها (dNTPs) 18
2-9-4 آنزیم تک پلیمراز 19
2-9-5 آغازگرها 19
2-10 چند شکلی فضایی رشته‌های منفردSSCP) ) 19
2-11 مروری بر برخی پژوهش‌های انجام شده: 20
فصل سوم. 22
مواد و روش‌ها 22
3-1 نمونه برداری.. 23
3-2 بررسی فاکتور وضعیت... 23
3-3 استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته. 23
3-3-1 طرز تهیه بافرهای استخراج DNA.. 23
3-4 تعیین ویژگیهای کمی و کیفی DNA استخراج شده: 24
3-4-1 ژل آگارز 24
3-4-2 رنگ آمیزی ژل آگارز 25
3-5 تعیین غلظت DNA استخراج شده با استفاده از اسپکتوفتومتر. 26
3-6 واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) 26
3-6-1 پروتکل و مواد استفاده شده در PCR.. 26
3-6-2 مراحل PCR.. 27
3-6-3 تنظیم سیکل‌های حرارتی PCR.. 28
3-6-3-1 واسرشته سازی قطعه الگو. 28
3-6-3-2 اتصال آغازگرها: 28
3-6-3-3 بسط (طویل سازی) آغازگرها: 28
3-7 چندشکلی فضایی در تک رشته DNA (SSCP) 29
3-8 الکتروفورز محصولات SSCP روی ژل اکریل آمید. 30
3-8-1 تهیه ژل پلی اکریل آمید. 30
3-8-2 آماده سازی دستگاه الکتروفورز عمودی.. 31
3-8-3 رنگ آمیزی با نیترات نقره 32
3-8-3-1 مراحل انجام رنگ آمیزی نیترات نقره: 32
3-9 مراحل انجام کار 33
3-10 تعیین توالی الگوهای باندی مشاهده شده در جمعیت مورد مطالعه. 34
3-11 تجزیه تحلیل داده‌ها 34
3-11-1 تجزیه و تحلیل آماری ژنتیک جمعیت و ارتباط نشانگر- صفت... 34
3-11-2 تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک توالی‌های به دست آمده 35
فصل چهارم. 36
نتایج.. 36
4-1 بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده 37
4-2 تکثیر قطعات مورد نظر. 37
4-2-1 ژن GH-2 ماهی سفید. 37
4-2-2 ژن GH-1 ماهی کپور معمولی.. 38
4-3 الگوهای باندی مشاهده شده جایگاه GH... 38
4-3-1 ژن GH-2 ماهی سفید. 38
4-3-1-1 بررسی فاکتور وضعیت ماهی سفید. 39
4-3-1-2 بررسی ارتباط بین نشانگر- صفت در جایگاه GH-2 ماهی سفید. 39
4-3-2 ژن GH-1 ماهی کپور معمولی.. 40
4-3-2-1 بررسی فاکتور وضعیت کپور معمولی.. 41
4-3-2-2 بررسی ارتباط بین نشانگر- صفت در جایگاه GH-1 ماهی کپور معمولی.. 41
4-5 تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک... 42
4-5-1 توالی یابی.. 42
4-5-2 مقایسه توالی GH-2 ماهی سفید و ماهی کپور معمولی.. 43
4-6 تعیین ژنوتیپ الگوهای باندی جایگاه GH-2 ماهی سفید پس از توالی‌یابی.. 47
4-7 برآورد مقدار وفور ژنی و ژنوتیپی جایگاه GH-2 ماهی سفید. 48
فصل پنجم. 50
بحث و نتیجه گیری.. 50
5-1 بحث و نتیجه گیری.. 51
5-2 پیشنهادات.. 53
منابع. 54
پیوست‌ها: 60
منبع:
امتیازی گ. و کریمیم. (1384). مبانی زیست مولکولی و مهندسی ژنتیک. انتشارات مانی اصفهان. 490 صفحه.
بنابازی م. ح. (1381). بررسی تنوع ژنتیکی در درون و بین پنج جمعیت گوسفند ایرانی با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره. پایان نامه کارشناسی ارشد علوم دامی. دانشکده کشاورزی. دانشگاه تهران. 130 صفحه.
حلاجیان ع. ، کاظمی ر. و دژندیان س. (1384). مطالعه بافت شناسی گناد ماهی سفید (Rutilus frisii kutum) در نواحی جنوب غربی دریای خزر در غیرا از فصل تخم ریزی. موسسه تحقیقات بین المللی ماهیان خاویاری دکتر دادمان.
سامانتام ر. ، ساکاماران ن. و ناتاراجان پ. (1384). پرورش آبزیان در آب‌های شیرین. مترجم رفیعی، غ. ر. انتشارات دانشگاه تهران.
ستاری م. 1381. ماهی شناسی (1) تشریح و فیزیولوژی. انتشارات نقش مهر. فصل 12. رشد. صص 423-432.
سپهری (1385). هورمون رشد. ماهنامه جهان دامپروری. شماره 16
ستاریم. ، شاهسونی د. و شفیعی‌اش. 1386. ماهی شناسی (2) سیستماتیک. انتشارات حق شناس. 592 صفحه.
شهبازی پ. و ملک نیا ن. 1378. بیوشیمی عمومی برای دانشجویان گروه پزشکی. انتشارات دانشگاه تهران.
عبدلی ا. و نادریم. 1387. تنوع زیستی ماهیان حوضه جنوبی دریای خزر. انتشارات علمی آبزیان. 242 صفحه.
عسگری ر. 1384. مروری بر ماهی شناسی سیستماتیک. انتشارات نقش مهر. 266 صفحه.
قاسمی ف. ، پورکاظمی م. ، زمینی ع. و یارمحمدی م. (1386). بررسی ساختار ژنتیکی جمعیت ماهی سفید نژاد بهاره و پاییزه (Rutilus kutum) با استفاده از مارکرهای مایکروستلایتی. نخستین همایش ملی منابع شیلاتی دریای خزر.
قلیچ پورم. ، شعبانی ع. و شعبان پور، ب. (1389). مقایسه ساختار ژنتیکی دو جمعیت کپور معمولی (Cyprinus carpio) در مناطق قره سو و انزلی با استفاده از هشت نشانگر ریزماهواره.
کیوانی‌ای. 1387. خلاصه رده بندی فیلوژنتیکی ماهی‌ها. مرکز نشر دانشگاه صنعتی اصفهان.
مردانی د. 1372. بیوشیمی ژنتیک، از ژن تا پروتئین. ناشر خدمات آموزشی و فرهنگی مبتکران.
نقوی‌ام. ، قره یاضی ب. ، حسینی سالکده ق. ، (1388). نشانگرهای مولکولی. چاپ سوم. انتشارات دانشگاه تهران، صص 155-156.
.
Abdoli R., Zamani P., Deljou A., Rezvan H., (2013). Association of BMPR-1B and GDF9 genes polymorphisms and secondary protein structure changes with reproduction traits in Mehraban ewes. Gene, 524:296–303.
Almuly R., Cavari B., Ferstman H., Kolodny O., Funkenstein B. (2000). Genomic structure and sequence of the gilthead seabream (Sparus aurata) growth hormone-encoding gene: Identification of minisatelliten polymorphism in intron I. Genome, 43: 836–845.
Agellon L. B., Davies S. L., Chen T. T., & Powers D. A. (1988). Stucture of a fish (Rainbow Trout) growth hormone gene and its implications. Proceedings of the National Academy of Sciences, 85(14) , 5136- 5140.
Ber R., Daniel V. (1993). Sequence analysis suggests a recent duplication of the growth hormone-encoding gene in Tilapia nilotica. Gene, 125: 143–150.
Calduch-Giner J.A., Mingarro M., Vega-Rubin de Celis S., Boujard D., Perez Sanchez, J. (2003). Molecular cloning and characterization of gilthead sea bream (Sparus aurata) growth hormone receptor (GHR). Assessment of alternative splicing. Comparative Biochemistry and Physiology Part B: Biochemistry and Molecular Biology, 136: 1–13.
Christoffels A., Koh E. G. L., Chia J., Brenner S., Aparicio S., & Venkatesh B. (2004). Fugu genome analysis provides evidence for whole-genome duplication early during the evolution of ray-finned fishes. Molecular biology and evolution, 21(6) , 1146-1151.
De-Santis C., Jerry D.R. (2007). Candidate growth genes in finfish. Where should we be looking? Aquaculture, 272: 22– 38.
Din S. Y., Hurvitz A., Goldberg D., Jackson K., Levavi-Sivan B. & Degani G. (2008). Cloning of Russian sturgeon (Acipenser gueldenestaedtii) growth hormone and insulin-like growth factor I and their experession in male and female fish during the first period of growth. Journal of endocrinological investigation, 31(3) , 201.
Duan C. (1997). The Insulin-like growth factor System and Its Biological Actions in fish. American Zoologist, 37(6) , 491- 503.
FAO. (2008). Fisheries Statistics. Aquaculture Production.
Gomez J. M., Loir M. & Le Gac F. (1998). Growth hormone receptors in testis and liver during the spermatogenetic cycle in Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). Biology of reproduction, 58(2) , 483- 491.
Gross R., Schlee P., Stein H., Rottmann O. (1996). Detection of allelic variation within the growth hormon gene in common bream using heteroduplex analysis. Journal of fish biology, 1284: 17-20
Gross R., Nilsson J. (1999). Restriction fragment length polymorphism at the growth hormone 1 gene in Atlantic salmon (Salmo salar L.) and its association with weight among the offspring of a hatchery stock. Aquaculture, 173: 73–80.
Ho W. K. K., Wong M. W., & Chan A. P. Y. (1991). Cloning and sequencing of the grass carp (Ctenopharryngodon idellus) growth hormone gene. Biochemica and bio physica Acta (BBS)-Gene Structure and Expression, 1090(2) ,245-248.
Kajimura S., Kawaguchi N., Kaneko T., Kawazoe I., Hirano T., Visitacion N., Grau E.G., Aida K. (2004). Identification of the growth hormone receptor in an advanced teleost, the tilapia (Oreochromis mossambicus) with special reference to its distinct expression pattern in the ovary. Journal of Endocrinology, 181: 65–76.
Knorr C., Moser G., Muller E. & Geldermann H. (2003). Associations of GH gene variants with performance traits in F2 generations of European wild boar, Pietrain and Meishan pigs. Animal genetics, 28(2) , 124- 128.
Kocour M., Kohlmann K. (2011). Growth hormone gene polymorphisms in tench, Tinca tinca L. Aquaculture, 310: 298-304.
Lee PY., Costumbrado J., Hsu CY., Kim YH. (2012). Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. Journal of visualized experiments. 62: 9400-9405.
Maj A., Oprzadek J., Oprzadek A., Dymnicki E., Zwierzchowski L. (2004). Polymorphism in the 5′-noncoding region of the bovine growth hormone receptor gene and its association with meat production traits in cattle. Animal research, 53: 503–514.
McCormick S. D. (2001). Endocrine control of osmoregulation in teleost fish American Zoologist, 41(4) , 781-794.
Miller S. A., Dykes D. D., Polesky H. F. (1988). A simple salting out procedure for extraction DNA from human nucleated cells. Nucl. Acids Res. 16:1255.
Mo S. J., Song P., Luo D. J., Peng M.Y., Zhang L., Yao H. L., Zhou W., Zhang J. N., Pan Y. F., Zheng S. M. (2004). Polymorphism in intron 2 of crucian carp GH I gene. Acta Genetica Sinica 31(6) : 582-90.
Murkaeva A. (2008). Structure, evolution and expression of the duplicated growth hormone genes of common carp (Cyprinus carpio). zur Erlangung des akademischen Grades. Doctor rerum naturalium. 1-180.
Murray Noreen E. (2000). Type I restriction systems: sophisticated molecular machines (a legacy of Bertani and Weigle). Microbiology and Molecular Biology Reviews, 64(2) , 412- 434.
Ni J., You F., Xu J. (2012). Single nucleotide polymorphisms in intron 1 and intron 2 of Larimichthys crocea growth hormone gene are correlated with growth traits. Chinese Journal of Oceanology and Limnology 30: 279-285.
Ohkubo T., Araki M., Tanaka M., Sudo S., Nakashima K., (1996). Molecular cloning and characterization of the yellowtail GH gene and its promoter: a consensus sequence for teleost and avian Pit-1/ GHF-1 binding sites. Journal of Molecular Endocrinology: 16, 63–72.
Pherson MM., Moller S., Moller SG. (2000). PCR (Basic: from background to bench). BIOS Scientific Publishers Ltd.
Rezvani-Gilkolaei S. (1997). Molecular population genetic studies of sturgeon species in the South Caspion Sea. Ph.D. Dissertation. University of Wales, Swansea.
Ryynanen H.J., Primmer C.R. (2004). Primers for sequence characterization and polymorphism detection in the Atlantic salmon (Salmo salar) growth hormone 1 (GH1) gene. Molecular Ecology Notes, 4: 664–667.
Sundt-Hansen L., L. Neregård S., Einum J., Höjesjö B.T., Björnsson K., Hindar F., Økland and Johnsson J.I. (2009). Growth enhanced brown trout show increased movement activity in the wild. Functional Ecology, 23: 551–558 doi: 10.1111/j.1365-2435.2008.01532.x.
Sciara A. A., Rubiolo J. A., Somoza G. M. & Arranz S. E. (2006). Molecular cloning, expression and immunological characterization of pejerrey (Odontesthes bonariensis) growth hormone Comparative Biochemistry and Physiology Part C: Toxicology & Pharmacology, 142(3) , 284- 292.
Tambasco D. D., Paz C.C.P., Tambasco-studart M., Pereira A. P., Alencar M. M., Freitas A. R., Regitano L. C. A. (2003). Candidate gene for growth traits in beef cattle crosses Bos Taurus* Bos indicus. Journal of Animal Breeding and Genetics, 120(1) , 51-56.
Tao W.J., Boulding E.G. (2003). Associations between single nucleotide polymorphisms in candidate genes and growth rate in Arctic charr (Salvelinus alpinus L.). Heredity, 91: 60–69.
Teletchea F. (2009). Molecular identification methods of fish species: reassessment and possible applications. Rev Fish Biol Fisheries 19:265–293.
Tian C. M., Yang L. Lv., Yuan Y., Liang X., Guo W., Song Y. and Zhao C. (2014). Single Nucleotide Polymorphisms in Growth Hormone Gene and Their Association with Growth Traits in Siniperca chuatsi (Basilewsky). Int J Mol Sci 15, 7029-7036.
Weller J. I., Kashi Y. & Soller M. (1990). Power of daughter and granddaughter designs for determining linkage between marker loci and quantitative trait loci in dairy cattle. Journal of Dairy Science, 73 (9) , 2525.
Xin T. and Jin-Gou T. (2011). SNPs and their applications in studies on genetics and breeding of aquaculture animals. Acta Hydrobiologica Sinica 35(2) : 348-354.
Xu B., Moriyama S., Zhang P., Miao H., Li D. & Kawauchi H. (2001). The complete amino acid sequence of growth hormone and partial amino acid sequence of prolactin and somatolactin from sea perch (Lateolabrax japonicu). Aquaculture , 201(1) , 117- 136.
Xu J., Ji P., Zhao Z., Zhang Y., Feng J., Wang J., Li J., Zhang X., Zhao L., Liu G., Xu P., and Sun X. (2012). Genome-wide SNP discovery from transcriptome of four common carp strains. PLoS One 7(10) : e48140
Yang, Bih-Ying, Chan, King-Ming, Lin, Chun-Meann & Chen, Thomas T. (1997). Characterization of Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) Growth hormone I gene and the Promoter region of growth hormone 2 gene. Archives of biochemistry and biophysics, 340(2) , 359-368.
Yousefian M. (2011). Genetic Variations of Common Carp (Cyprinus carpio L.) In South-Eastern Part of Caspian Sea Using Five Microsatellite Loci. World Journal of Zoology 6 (1) : 56-60.
Zohar Y. (1989). Endocrinology and fish farming: aspects in reproduction, growth, and smoltification. Fish Physiology