فهرست:
چکیده 1
مقدمه: 4
1-1- سیب زمینی. 5
1-1-1- تاریخچه سیب زمینی. 5
1-1-2- گیاه شناسی. 6
1-1-3- دما : 8
1-1-4- خاک و کود 9
1-1-5- اهمیت اقتصادی سیب زمینی. 10
1-2-1- علایم بیماری های ویروسی سیب زمینی. 11
1-2-2- همه گیرشناسی و چرخه ی بیماری. 11
1-2-3- کنترل بیماریهای ویروسی سیب زمینی. 12
1-3- فرضیه ها 12
1-4- اهداف.. 12
فصل دوم. 13
2-1- ویژگیهای گروه پوتی ویروسها 14
2-1-1- ویروس وای سیب زمینی. 15
2-1-1-1- دامنه میزبانی و علایم ویروس وای سیب زمینی. 16
2-1-1-2- وضعیت ویروس وای سیب زمینی در ایران. 17
2-1-1-3- ناقلین ویروس وای سیب زمینی. 18
2-1-1-4-ساختار ژنتیکی. 19
2-1-1-5-نژادهای ویروس وای سیب زمینی. 19
2-1-1-5-2- نژاد N.. 20
2-1-1-5-3-نژاد C.. 21
2-1-1-6-روشهای بررسی نژادهای PVY : 21
2-1-1-7-نوترکیبی در ژنوم ویروس y سیب زمینی. 22
2-1-1-8-مقایسه دو روش رایج شناسایی PVY. 23
فصل سوم. 26
3-1-نمونه برداری از مزارع سیب زمینی. 27
3-2- مواد گیاهی. 28
3-2-1- نگهداری نمونه ها در آزمایشگاه 28
3-3-آزمون آزمون الایزای غیر مستقیم. 29
3-5- انتخاب جدایه های مثبت.. 30
3-6- مطالعات گلخانهای. 30
3-6-1- آماده سازی گیاهان گلخانهای. 31
3-6-2- مایه زنی گیاهان گلخانهای. 31
3-7- روش آزمون RT-PCR.. 33
3-7-1 روش تهیه cDNA.. 33
3-7-3 مراحل به دام اندازی RNA ویروس.. 34
3-9- انجام واکنش PCR.. 35
3-9-1- طراحی پرایمر 35
3-9-2 روش آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) 36
3-10 روش تهیه ی ژل و انجام الکتروفورز برای بررسی نتایج آزمون PCR.. 37
3-11- مقایسه توالی نوکلئوتیدی نژادهای PVYبا توالی مشابه در سایر جدایه های موجود در بانک ژن. 38
فصل چهارم: 42
4-1- منبع ویروس.. 43
4-2- نتایج آزمون الایزای غیر مستقیم. 44
4-3 مطالعات گلخانه ای. 46
4-5- نتایج آزمون RT-PCR.. 47
4-6- تنوع ژنتیکی. 52
4-7- بیشترین درصد تشابه جدایه های مورد بررسی با نژادهای اصلی PVY در جهان : 52
4-7- مقایسه نتایج حاصله از آزمونهای الایزای غیرمستقیم و RT-PCR.. 54
فصل پنجم. 55
5-1- بررسی نوترکیبی در ایزولههای ایرانی ویروس Y سیب زمینی: 58
5-2- پیشنهادات اجرایی و پژوهشی. 59
فهرست منابع و ماخذ. 61
منابع انگلیسی: 64
منبع:
احمدی خواه، ا. 1387. ژنتیک تکمیلی، انتشارات دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان. 350 صفحه
ایزد پناه، ک.، اشکان، م.، بنی هاشمی، ض.، رحیمیان، ح و میناسیان، و. 1389 . در ترجمه بیماری شناسی گیاهی. (اگریوس، جرج ان). تهران. آییژ. 1026 صفحه
بینام. 1387. کارنامه آماری اداره کل امور کشاورزی شرکت دخانیات ایران. 63 صفحه.
پور رحیم، ر.، فرزادفر، ش. و گلنراقی، ع. 1381. در ترجمه مبانی ویروسشناسی گیاهی (ماتیوس، آر.ای.اف). شرکت سامان پیشهگر. 457 صفحه.
پوررحیم، ر.، شهرآیین، ن.، آهونمنش، ع. و کریمی، ر. 1376. گزارش استرین نکروتیک ویروس وای سیبزمینی از مزارع سیبزمینی استان همدان. مجله بیماری شناسی گیاهی. جلد 34 (2-1). صفحات 37-42.
جعفرپور، ب.، جعفرپور، ب. 1382. ویروس شناسی گیاهی کاربردی (ترجمه). انتشارات. دانشگاه فردوسی مشهد. 460 صفحات.
خاکور، ر.، شمسبخش، م. و پوررحیم، ر. 1384. وضعیت شش ویروس مهم بیماریزا در مزارع سیب زمینی استان خوزستان. مجله آفات و بیماریهای گیاهی، جلد 73، شماره 1، صفحات 37-25.
خاطری، ه.، معرفزاده، ن.، حسینی، ع. و مهتابی، ر. ع. 1385. بررسی عکسالعمل رقمهای مختلف توتون به ویروس ایگرگ سیبزمینی در شرایط آلودگی طبیعی در منطقه تیرتاش مازندران. خلاصه مقالات نهمین کنگره ژنتیک ایران، تهران. 167 صفحه.
خدابنده، ن. 1368. گیاهان صنعتی. انتشارات دانشگاه تهران. 454 صفحه.
خواجه پور، م.ر.1383. گیاهان صنعتی. جهاد دانشگاهی واحد صنعتی اصفهان. 480 صفحه.
خوشخطی، ن.، کوهی حبیبی، م. و مصاحبی محمدی، غ.ح. 1388. وقوع استرین N ویروس Y سیب زمینی (PVY) در مزارع کرفس استان تهران. خلاصه مقالات پنجمین کنگره ویروسشناسی ایران. 9 صفحه.
دانش، د.، سلیمانی، س.، فیلسوف، ف. و دهقان، م. 1370. وقوع 4 ویروس سیبزمینی در استان اصفهان. مجله بیماری شناسی گیاهی. جلد 28، صفحات 49-45.
دانش، م. 1379. بیماریهای توتون (ترجمه). مرکز نشر دانشگاهی، تهران. 235 صفحه.
شمس بخش، ن.، خاکور، ر. و پوررحیم، ر. 1381. خالصسازی و تهیه آنتیسرم و شناسایی سرلولوژیکی ویروسهای Y و X جدا شده از مزارع سیبزمینی استان خوزستان. مجله علمی کشاورزی. جلد 24: صفحات 47-35.
شهرآیین، ن. و الهی نیا، س.ع. 1378. مطالعات سرولوژیکی وایمینو الکترون میکروسکوپی ویروس Y سیب زمینی (PVY) جدا شده از گیاه توتون رقم کوکر 347 در منطقه گیلان. مجله آفات و بیماریهای گیاهی، جلد 67، شماره 1 و 2. صفحات 27-17.
طوسی، ن.، آهونمنش، ع.، پورحیم، ر. و بهار، م. 1383. شناسایی نژادهای C و N ویروس وای سیب زمینی با استفاده از Revers Transcriptase- Polymerase Chain Reaction ( RT-PCR) وRestriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) . خلاصه مقالات شانزدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران. 224 صفحه.
طوسی، ن. 1386. تعیین نژادهای ویروس وای سیب زمینی با استفاده از روشهای سرولوژیکی و مولکولی، پایان نامه کارشناسی ارشد بیماری شناسی گیاهی، دانشگاه صنعتی اصفهان. 100صفحه.
مجدآبادی فراهانی، س.، جعفرپور، ب.، فلاحتی رستگار، م، و سبک خیز، م. ع. 1388. ردیابی و شناسایی نژاد NTN ویروس وای سیبزمینی از مزارع استان خراسان رضوی. خلاصه مقالات پنجمین کنگره ویروسشناسی ایران. 160 صفحه.
معرفزاده، ن.، خاطری، ه.، کوهی حبیبی، م.، مصاحبی محمدی، غ. ح، حمزه، ن.، غضنفری، کیوان.، و حسینی، ع. 1385. وضعیت آلودگی ارقام تجاری توتون به ویروس وای سیبزمینی و شناسایی سویه نکروتیک ویروس در مزارع توتون استانهای مازندران و گلستان. خلاصه مقالات هفدهمین کنگره گیاه پزشکی ایران. 225 صفحه.
معرفزاده، ن.، خاطری، ه.، کوهی حبیبی، م.، مصاحبی محمدی، غ. ح. و حمزه، ن. 1387. شناسایی سویه غالب ویروس وای سیبزمینی در ارقام تجاری توتون استانهای گلستان، مازندران، گیلان و آذربایجان غربی. خلاصه مقالات هجدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران. 474 صفحه.
مقصودی، ر.، جعفرپور، ب. و فلاحتی رستگار، م. 1383. وقوع نژاد N ویروس وای سیبزمینی (PVYN) در استان خراسان و نژاد O این ویروس (PVYO) در استانهای خراسان، گیلان و مازندران. خلاصه مقالات شانزدهمین کنگره گیاهپزشکی ایران. 223 صفحه.
موسوی، ل.، مظفری، ج.، رخشندهرو، ف.، قدمیاری، ش. و سخندان، ن. 1388. تشخیص ملکولی نژادهای ویروس وای سیبزمینی با استفاده از RT-PCR در استان آذربایجان شرقی. خلاصه مقالات پنجمین کنگره ویروس شناسی ایران. 188 صفحه.
منابع انگلیسی:
Abedi, H. 1998. Appearance of PVY in tobacco fields of Iran (Regions of Mazandaran and Gorgan). Bull. Sp. Coresta, Brighton Congress. p.24.
Bagnall, R.H. 1992. Epidimiology Potato virus Y in New Brunschwick, Canada- A biennial rhythm and 9 plus year cycle. Can. J. Plant Pathology. 14: 137-146.
Bapat, V. A., Ghosh, S. B., Nagi, L.H.S., Ganapathi, T. R., Khurana, S.M.P. 2002. Cloningand sequencing of potato virus Y coat protein gene from an Indian isolate and development of transgenic tobacco for PVY resistance.Current. Science(Indian). v.82 (7) P.855-859.
Barnett, O. W. 1992, A summary of potyvirus taxonomy and definitions. Arch. Virology. Supplementum. 5: 435-444.
Bawden, F.C . 1936. The viruses causing top necrosis (acronecrosis) of the Potato. Ann. Appl. Biol 23: 487-497.
Blanco-Urgoiti, B., Tribodet, M., Leclere, S., Ponz, F., Perez de San Roman, C., Legorburu, F.J., and Kerlan, C. 1998. Characterization of Potato Y (PVY) isolates from seed Potato batches. Situation of the NTN, Wilga and Z isolates. Eur. J. Plant Pathol. 104: 811-819.
Boonham, N., Walsh, K., Hims, M., Preston, S., North, J. and Barker, I. 2002a, Biological and sequence comparisons of Potato virus Y isolates associated with potato tuber necrotic ringspot disease. Plant Pathology. 51:7-126.
Boonham, N., Walsh, K., Preston, S., North, J., Smith, P. and Barker, I. 2002b, The detection of tuber necrotic isolates of Potato virus Y (PVYNTN), and the accurate discrimination of PVYO, PVYN and PVYC strains using RT-PCR. Virology Method Journal. 102(od1-2): 103-12.
Bousalem, M., Douzery, E and Fargette, D. 2000, High genetic diversity, distant phylogenetic relationships and intraspecies recombination events among natural populations of Yam mosaic virus: a contribution to understanding potyvirus evolution. Journal Gen Virology. 81:243-255
Chachulska, A.M., Chrzanowska, M., Robaglia, C., and Zagórski, W .1997. Tobacco veinal necrosis determinants are unlikely to be located within the 5’ and 3’ terminal sequences of the Potato Virus Y genome. Arch. Virology. 142: 765-779.
Chandelier, A., Dubois, N., Baelen, F., De Leener, F., Warnon, S., Remacle, J. and Lepoivre, p. 2001, RT-PCR-ELOSA tests on pooled sample units for the detection of virus Y in potato tubers, Virology Method Journal, 9lod: 99-108.
Clark, M.F., and Adams, A.N. 1977. Characteristics of the microplate method of Enzyme-linked immunosrobent assay for the detection of plant viruses. J. gen. Virology. 34:475-483.
Davis, D.L. 1999. Virus disease. In: Tobcco: Production, Chemistry and Technology. Blackwell science. 154-215.
Davis, J. A., Radcliffe, E.B., and Ragsdale, D.W. 2005. Soybean aphid, Aphis glycines Matsumura, a new vector of Potato Virus Y in Potato. Am. J. Potato. Res. 82(3): 197-201.
De Bokx, J. A. and Huttinga, H. 1981, Potato virus Y, CMI/AAB Descriptions of plant viruses, N.242.
Ellis, P., Smith, R.S., and Villers, G.D. 1997. Indentification and geographic distribution of serotypes of Potato Virus Y. Plant Disease. 81: 481-484.
Fanigliulo, A., Comes, S., Pacella, R., Harrach, B., Martin, D.P and Crescenzi, A. 2005. Characterisation of Potato virus Y nnp strain inducing veinal necrosis in pepper: a naturally occurring recombinant strain of PVY. Archives of Virology. 150: 709-720.
Fauquet, C.M., Mayo, M.A., Maniloff, J., Desselberger, U,. and Ball, L.A(Eds). 2005. VIIIth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Elsevier Academic Press. 819-842.
Glais, L., Kerlan, C., Tribodet, M., Marie-Jeanne Tordo, V., Robaglia, C., and Astier Manifacier, S. 1996. Molecular characterization of Potato virus Y N isolates by PCR-RFLP. Europ. J. Plant Pathollogy. 102: 655-662.
Glais, L., Tribodet, M., and Kerlan, C. 2002. Genomic variability in Potato VirusY (PVY): evidence that PVYNW and PVYNTN variants are single to multiple recombinants between PVYO and PVYN isolates. Arch. Virol. 147: 363–378.
Govier, D.A., Kassanis, B., and Pirone, T.P. 1977. Partial purification and characterization of the Potato Virus Y helper component. Virology. 78:306-314.
Hamm, P. B., Hane, D. C., Pavek, M. J., Leroux, L. D., Gieck, S. L., and David, N. L. 2009. Potato Cultivars Differ in Current Season Potato Virus Y (PVY) Infection. Am. J. Pot Res. 87:19–26.
Hooker, W.J., (ed). 1990. Compendium of Potato diseases. APS Press, Minnesota, USA. 68pp.
Hosseini, A., Massumi. H., Heydarnejad, J., Hosseini Pour, A and Varsani, A. 2010. Characterisation of potato virus Y isolates from Iran, Virus Genes. DOI 10.1007/s11262-010-0546-8.
Jones, R.A.C. 1990. Strain group specific and virus specific hypersensitive reactions to infection with Potyviruses in Potato cultivars. Ann. Appl. Biol 117: 93-105.
Kanavaki, O. M., Margaritopoulos, J. T., Katis, N. I., Skouras, P., and Tsitsipis, J. A. 2006. Transmission of Potato virus Y in tobacco plants by Myzus persicae nicotianae and M. persicae s.str. Plant Disease. 90:777-782.
Karasev, A. V., Nikolaeva, O. V., Hu, X., Sielaff, Z., Lorenzen, J. H., Whitworth, J., Lorenzen, J. H., and Gray S. M. 2009. Serological Properties of Ordinary and Necrotic Isolates of Potato virus Y: A Case Study of PVYN Misidentification. Am. J. Pot Res. 87:1–9.
Khan, J.A., Dijkstra, J. 2002. Plant viruses as molecular pathogens. Food products press. 231-239.
Klinkowski, M., Schmelzer, K. 1960. A necrotic type of Potato virus Y. Am. Potato J. 37: 221-227.
Latorre, B. A. 1983. Disease incidence gradient and the effect to seed bed infection on Potato virus Y outbreaks in tobacco. Plant Disease. 67:302-304.
Latorre, B.A., Andrade, O., Penaloza, E., and Escaffi, O. 1982. A servy outbrek of Potato virus Y in chilian tobacco. Plant Disease. 66:893-895.
Le Romancer, M., Kerlan, C., and Nedellec, M. 1994. Biological characterization of various geographical isolates of Potato virus Y inducing superficial necrosis on potato tubers. Plant Pathology. 43: 138-144.
Legnani, R. 1995. Evaluation